Верховный суд РФ 22 декабря 2010 года признал законным второй оправдательный приговор Квачкову и другим фигурантам дела о покушении в 2005 году на бывшего главу РАО «ЕЭС России» Анатолия Чубайса. Однако уже на следующий день Лефортовский суд Москвы санкционировал арест отставного полковника по новому делу. Оно было возбуждено в день задержания Квачкова и имеет гриф «секретно».
Защита экс-полковника полагает, что новые обвинения голословны, а в материалах дела нет никаких фактов. По сведениям самого Квачкова, суть предъявленных ему обвинений заключается в подготовке вооруженной группы из числа тольяттинских членов организации «Народный фронт освобождения России» с целью свержения власти.
Квачков свою вину по предъявленным обвинениям не признает.