Пономаренко отравили в штрафной изолятор в ИК-6 в Шипуново Алтайского края, куда она прибыла 6 сентября. Сначала ей назначили 15 суток за то, что она из-за болезни упала в обморок, утверждает RusNews. При этом медпомощь, по данным издания, ей не оказали. По версии же сотрудников колонии, журналистка «лежала днем», что запрещено. Второй раз ее отправили в ШИЗО на 10 суток за то, что она не встала с кровати по требованию сотрудницы колонии. RusNews пишет, что журналистка не смогла выполнить требование из-за болей в пояснице. Журналистка жалуется, что в колонии ей не выдали теплую одежду, а также на плохое питание и антисанитарию. По ее словам, после жалобы прокурору на нарушения сотрудники колонии начали ей угрожать «значительными сложностями». Марию Пономаренко задержали в апреле 2022 года из-за поста про обстрел драмтеатра в Мариуполе. 16 сентября в СИЗО журналистка пыталась вскрыть вены из-за пыточных условий. Кроме того, как объясняла Пономаренко, она переживала из-за двух своих несовершеннолетних дочерей, которые тяжело переносили разлуку с ней и вынуждены были оставаться с отцом, который оказывал на них давление. 15 февраля 2023 года суд в Барнауле приговорил Пономаренко к шести годам колонии.
