В начале войны Костюченко работала в Украине. В марте она планировала поехать в Мариуполь, тогда еще не захваченный российскими войсками. За день до поездки коллега и источник из военной разведки Украины предупредили журналистку, что у чеченских подразделений Росгвардии есть приказ убить ее. Поездку через оккупированную Запорожскую область пришлось отменить. В апреле Костюченко переехала в Берлин. Спустя полгода она решила получить визу и вернуться работать в Украину. Сайт МИДа Украины был взломан, поэтому для получения визы ей нужно было поехать в консульство Мюнхена. Поездку журналистка обсуждала в фейсбуке — хотя раньше не пользовалась мессенджером из соображений безопасности. 18 октября после визита в консульство Костюченко поехала на поезде обратно в Берлин и там почувствовала себя плохо — она сильно потела (пот, по ее словам, пах «резко и странно» — гнилыми фруктами), не могла сконцентрироваться на чтении, у нее болела голова. В Берлине журналистке было трудно сориентироваться и добраться до дома — хотя она хорошо знала дорогу. Журналистка сильно уставала, появилась одышка. Дома у Костюченко заболел живот, начались тошнота и головокружение. Спустя несколько дней она обратилась к врачу — анализы крови показывали, что печеночные ферменты АЛТ и АСТ в пять раз превышали норму, а в моче обнаружилась кровь. Врачи долгое время не могли поставить диагноз. Следующие несколько месяцев состояние Костюченко не улучшалось, симптомы менялись — начались сильные отеки, опухли руки, ноги и лицо, появилась тахикардия. В середине декабря врач, исключив остальные диагнозы, предположила, что ее отравили. Костюченко направили в токсикологический отдел «Шарите» (клинику, где лечился Навальный после отравления). Костюченко долго отрицала, что могла быть отравлена: «Нет, не настолько я опасная», — говорила она врачам. Чтобы сдать анализы на токсины, ей нужно было обратиться в полицию. Сотрудники немецкой полиции говорили ей, что их «бесит» беспечность российских журналистов, живущих в Европе. «Никто даже не думает, что надо беречься. У нас происходят политические убийства. У нас действуют российские спецслужбы», — говорили ей в полиции. В мае дело об отравлении было закрыто за неимением доказательств. Однако позже врачи, консультирующие расследователей The Insider и Bellingcat, назвали вероятной причиной ухудшения здоровья журналистки отравление хлорорганическим соединением. В июле прокуратура Германии вновь открыла дело. Сейчас Костюченко, по ее словам, больше не чувствует боль и тошноту, однако силы к ней так и не вернулись. Ей пришлось уволиться — сейчас она в состоянии работать только по три часа в день. Как выяснил The Insider, в течение последнего года несколько уехавших из России журналистов и активистов пожаловались на симптомы отравления. Так, спустя неделю после предполагаемого отравления Костюченко с практически идентичными симптомами столкнулась журналистка «Эха Москвы» Ирина Баблоян в Тбилиси. Также весной нейротоксичным веществом была отравлена глава фонда «Свободная Россия» Наталия Арно. Об отравлениях также заявляли политик Любовь Соболь и активистка Эльвира Вихарева, однако информацию об этом журналисты подтвердить не смогли.