По версии следствия, с 2013 по 2018 годы Бойко-Великий вместе с несколькими соучастниками из числа сотрудников получил от ростовского банка «Кредит Экспресс» более 190 млн рублей по подложным договорам кредитования на бывших клиентов. Предпринимателя взяли под стражу в зале суда. После задержания летом 2019 года его отправили в СИЗО, однако спустя два года, в мае 2021, суд изменил ему меру пресечения на домашний арест. После задержания представительница предпринимателя Мария Преснова-Бойко называла дело против него заказным и «связанным с деятельностью Василия Бойко-Великого в качестве патриотически настроенного православного предпринимателя». У банка «Кредит Экспресс» отозвали лицензию, а в 2018 году он был признан банкротом. В 2006 году Бойко-Великий стал фигурантом дела о хищении земли, легализации преступных доходов и организации преступного сообщества. Его отправили в СИЗО, в 2008 году он вышел оттуда под залог. Следствие продолжалось 10 лет и в 2016 году основные обвинения были сняты «за отсутствием состава преступления». В деле остался только эпизод о хищении земли, по нему следствие продолжалось вплоть до нового обвинения.
