Сергей Подопригоров в 2022 году попал в так называемый санкционный «список Магнитского» из-за того, что принимал решение об аресте юриста в 2008 году. В письме Минфину судья отмечал, что российская судебная система не подразумевает специальных судей и срочные вопросы избрания или продления меры пресечения разрешает дежурный судья. Так что, по его утверждению, «судьи обычно не знают заранее, какие дела они будут рассматривать». «26 ноября 2008 года я был дежурным судьей Тверского суда. […] Он (Магнитский), по утверждениям следователей, был автором масштабной схемы налогового мошенничества», — написал Подопригоров, добавив, что на тот момент никогда не слышал о Магнитском. Судья отметил, что следователь Олег Сильченко, который ходатайствовал об аресте Магнитского, обосновывал свои требования многочисленными документами. «Я рассмотрел все представленные следователем доказательства, а также доводы адвоката Магнитского. В итоге я решил, что ходатайство должно быть удовлетворено», — утверждал Подопригоров. Решение об аресте Магнитского «соответствовало российской судебной практике», отмечал судья: «Мой опыт в делах о налоговом мошенничестве и уклонении от уплаты налогов показывает, что подозреваемые обычно содержатся под стражей до суда — чтобы предотвратить воспрепятствование правосудию. В то время я расценивал дело господина Магнитского как подобное любому другому делу о налоговом мошенничестве или уклонению от уплаты налогов». Судья также продлевал арест Магнитскому 13 марта 2009 года. «Медицинские справки не содержали доказательств, что господин Магнитский имел серьезное заболевание», — заявил Подопригоров. При этом уже в ноябре 2009 года Магнитский умер в СИЗО. Как пишет «Вёрстка», прошение Подопригорова об исключении из санкционного списка готовила одна из самых дорогих юридических компаний в мире — Herbert Smith Freehills. Прохоров убежден, что Подопригоров не мог себе позволить обращение в такую компанию с зарплатой московского судьи: «[Это стоит] десятки тысяч долларов. Но точно их платил не сам судья Подопригоров. Я думаю, что это не было его инициативой». Сейчас Подопригоров рассматривает дело против политика Владимира Кара-Мурзы, обвиняемого в госизмене, распространении «фейков» про армию и участии в «нежелательной» организации. При этом Кара-Мурза был в числе политиков, готовивших и продвигавших «акт Магнитского». Более того, участие в его составлении вменяется Кара-Мурзе в рамках дела о госизмене, уточнил адвокат. Прохоров дважды заявлял Подопригорову отвод, указывая, что у него есть личная заинтересованность в исходе дела. Подопригоров в собственном отводе отказал. Юрист инвестиционного фонда Hermitage Capital Сергей Магнитский заявлял о существовании схем масштабных хищений из российского бюджета через возврат налогов. После этого его обвинили в пособничестве в уклонении от уплаты налогов и арестовали. При этом в расследовании дела против него участвовали люди, которых юрист обвинял в коррупции. В 2009 год Магнитский умер в московском СИЗО после 11 месяцев ареста.
