По данным ведомства, еще в 2020 году Бабаяну предъявили обвинения по ряду уголовных статей. Его в том числе обвиняют в причастности к планированию, подготовке и ведению агрессивной войны и военных операций, а также набору наемников и к обстрелам мирного населения Азербайджана. За день до задержания, 28 сентября, в фейсбуке Бабаяна появился пост, в котором сообщалось, что он добровольно сдался властям Азербайджана. «Я включен в черный список Азербайджана, и азербайджанская сторона потребовала моего прибытия в Баку для соответствующего расследования. Я принял решение направиться сегодня из Степанакерта в Шуши», — сказано в посте. 28 сентября также был арестован экс-госминистр Нагорного Карабаха и основатель «Тройки Диалог» Рубен Варданян. Силовые структуры Азербайджана вменяют ему три статьи: о создании вооруженных формирований, о финансировании терроризма и о незаконном пересечении границы.
