24 февраля 2022 года, в первый день войны, Мельниченко был на встрече Путина с бизнесом, а после этого против него ввели санкции, которые, по его словам, стали для него неожиданностью. Ограничения вынудили его покинуть виллу в швейцарском Санкт-Морице и перебраться в ОАЭ. «Я живу в Швейцарии 14 лет. Я не делаю оружие для войны. Я делаю еду для людей и энергию для электростанций по всему миру. Я не пропагандирую войну. Я не занимаюсь политикой», — сказал Мельниченко в разговоре с FT. Однако лично ответственным за «случившиеся трагедии» Мельниченко, по его словам, себя не считает. На вопрос корреспондента, является ли то, что делает Россия в Украине преступлением, бизнесмен ответил: «На мой взгляд, да». «Если вы причиняете вред миллионам людей, которые не имеют никакого отношения к конфликту, вы — военный преступник», — цитирует газета Мельниченко. Позже бизнесмен связался с редакцией FT и уточнил, что его ответ касался конкретных атак на гражданские объекты, которые, по его мнению, являются преступлением. «Еще раз: я не на месте, я не эксперт, я не могу описать тот или иной конкретный случай», — сказал Мельниченко. На замечание корреспондента, что он видел те же фото разрушенных городов, бизнесмен ответил: «Опять же: меня не было на земле, что я могу сказать? Мы здесь отвлечены. Война поднимает на поверхность одиозных людей с обеих сторон. Военные преступления определенно есть с обеих сторон. Это происходит на любой войне. Это естественно. Неважно, кто это начал». Добившийся недавно снятия санкций Великобритании бизнесмен Олег Тиньков называл Мельниченко в числе других российских предпринимателей, которых он, по его словам, призывал активно высказаться против войны. Как утверждал Тиньков в разговоре с Дождем, многие бизнесмены были солидарны с ним относительно войны в частных разговорах, однако публично так и не высказались. Среди них кроме Мельниченко он перечислял краснодарского бизнесмена Сергея Галицкого и «партнеров» Романа Абрамовича. В марте 2022 года, спустя несколько недель после начала войны, Мельниченко в интервью Reuters называл происходящее в Украине «поистине трагичным» и заявил, что «нам срочно нужен мир». «Будучи русским по национальности, белорусом по рождению и украинцем по крови, я испытываю огромную боль и смятение, видя, как сражаются и гибнут братские народы», — сказал бизнесмен.
