В день голосования — 23 сентября 2020 года — Агаев умер от осложнений, вызванных коронавирусом. Перед смертью депутат находился в коме, сообщало РИА Новости со ссылкой на депутата Алексея Гаврилова.
Заместитель председателя фракции КПРФ в Госдуме Николай Коломейцев подтвердил, что 23 сентября Агаев умер в больнице с диагностированным COVID-19. «Он долго лежал в больнице, ему четыре операции сделали. Умер там», — рассказал зампред.
Согласно системе Госдумы, 67-летний Агаев голосовал 15, 16, 22 и 23 сентября. В частности, он проголосовал за принятие законопроектов о создании казачьих обществ, о хранении и использовании нотариальных документов, а также о предоставлении доступа близким родственникам пациента к информации о его состоянии здоровья.
Коломейцев предположил, что за Агаева могли проголосовать его коллеги, сидящие за соседними креслами. При этом вице-спикер Госдумы Александр Жуков заявил, что депутаты не могут голосовать друг за друга.
«Открытые медиа» также обратили внимание на аналогичный случай с депутатом Госдумы, замруководителя фракции КПРФ Валентином Шурчановым. По данным системы Госдумы, последний раз он голосовал на заседаниях парламента 16 декабря — за два дня до смерти из-за коронавируса. При этом глава КПРФ Геннадий Зюганов сообщал, что перед смертью Шурчанов в течение трех недель находился в тяжелом состоянии.