Михаил Ходорковский косвенно признал свою вину перед помилованием в 2013 году, заявил Владимир Путин на встрече с Советом по правам человека. По его словам, он сделал это в письме, адресованном президенту.
«Он косвенно признал вину в письме ко мне, попросил его отпустить раньше срока, потому что у него мама болела и умерла. Я пошел на это и помиловал его, чтобы он мог общаться с мамой», — сказал Путин в ответ на слова Екатерины Винокуровой о том, что Ходорковского помиловали несмотря на то, что он не признал вину.
Сам Ходорковский в разговоре с «МБХ медиа» это отрицает. По его словам, «ни прямого, ни косвенного признания вины не было».
«Владимир Путин или действительно не помнит, что я отказался от помилования с признанием вины, или умышленно вводит в заблуждение. Я благодарен ему, что он дал мне возможность попрощаться с мамой и не в претензии, если это возрастная забывчивость», — сказал Ходорковский
В 2013 году пресс-секретарь президента Дмитрий Песков говорил, что в Кремле считают прошение о помиловании, поданное Ходорковским, признанием вины. «Если просит о помиловании, значит — признает вину», — сказал Песков.
При этом сам Ходорковский писал, что «такой вопрос не ставился». «12 ноября я обратился к Президенту России с просьбой о помиловании в связи с семейными обстоятельствами и рад положительному решению. О признании вины вопрос не ставился», — говорится в заявлении, опубликованном на сайте его пресс-центра.
В 2005 году Михаила Ходорковского приговорили к девяти годам лишения свободы по обвинению в мошенничестве и неуплате налогов. Позже Мосгорсуд снизил наказание до восьми лет. В 2010 году в рамках другого дела ЮКОСа его приговорили к 14 годам колонии за хищение нефти и легализацию выручки от ее продажи, позже срок снизили до 13 лет. В 2013 году Ходорковский подал прошение о помиловании, после освобождения он уехал за границу.