Лопухин возглавлял Минэнерго с ноября 1991 по июнь 1992 года. Он разработал концепцию реформирования топливно-энергетического комплекса.
«Коммерсант» писал, что он предложил перевести отрасль на самофинансирование и создать в ней автономные холдинги полного цикла — от добычи нефти до ее реализации. Борис Ельцин не одобрил эту идею и вскоре назначил на него место президента концерна «Газпром» Виктора Черномырдина.
Также Лопухин назначил председателем фонда содействия топливно-энергетической промышленности и заместителем министра Михаила Ходорковского.
После этого его назначили на должность внештатного советника главы правительства Егора Гайдара. Затем он устроился в инвестиционный банк Lazard Freres, а позже создал собственную компанию «Вангвард».