С 2011 года ИТЭФ находится в ведении НИЦ «Курчатовский институт», ранее его возглавлял доктор физико-математических наук Виктора Егорычев.
Игорь Божков —бывший генерал-майор полиции, начальник УВД на московском метрополитене. 2016 году президент Владимир Путин освободил Божкова от этой должности.
«Новая газета» писала, что в 2007 году Божков контролировал передачу взятки группе полицейских от бизнесмена Николая Куделко в обмен на изъятую у него партию кофе. Об этом рассказал один из фигурантов дела, полицейский Вячеслав Денисов, которого приговорили к 3,5 году условно. Кроме того, в 2013 году Следственный комитет допрашивал Божкова по этому делу.
«Проект» пишет, что к назначению Божкова главой ИТЭФ, скорее всего, причастен директор НИЦ «Курчатовский институт» и по совместительству друг Путина Михаил Ковальчук. По словам одного из источников, бывший глава института Егорычев «тормозил» переезд ученых в здание «Курчатовского института». Теперь Егорычев перешел на должность первого заместителя Божкова.
Бывший сотрудник ИТЭФ Андрей Ростовцев рассказал, что в институте «всегда был силовик, который отвечал за режим», но руководящие должности занимали только ученые. Глава профсоюза института Владимир Шейнкман отметил, что Божков «вполне нормальный, неагрессивный, думающий» человек, однако он «не в теме научной работы».