Файлы изучали три раза. Осмотры производились с нарушениями, в частности, в первых двух протоколах не было описания упаковки, а в третьем она была описана не так, как выглядела первоначально. Помимо этого, это делалось без понятых. При исследовании одного из изъятых ноутбуков подозреваемого Ильи Шакурского выяснилось, что многие файлы были изменены уже после задержания владельца. По словам Шакурского, информация, которая могла бы послужить доказательством его невиновности, оказалась удалена.
Исследование ноутбука Шакурского на заседании показало, что несколько файлов открывали 30 октября 2017 года — то есть уже после его ареста. Последний файл был сохранен 3 ноября, изменения в папки «Разведка», «Сапер», «Сеть» и «Стихи» вносились летом 2018 года.
Два обнаруженных на компьютерах файла стали главными доказательствами существования «Сети» как террористического сообщества. В них находился «Свод» с изложением целей и структуры сообщества, а также протокол «съезда», который якобы состоялся в Петербурге в феврале 2017 года.
Следствие называет «Сеть» террористической организацией, ее ячейки якобы находятся в Москве, Петербурге, Пензе и Белоруссии. Кроме Сагынбаева, который проходит в качестве обвиняемого, в октябре 2017 года были арестованы Илья Шакурский, Дмитрий Пчелинцев, Андрей Чернов и Василий Куксов. Еще одного фигуранта, Егора Зорина, отправили под домашний арест.
Фигуранты дела «Сети» жаловались на пытки при даче показаний. В частности, от своих показаний отказались Илья Шакурский и Дмитрий Пчелинцев, объяснив, что давали их под пытками. Позднее о пытках заявили еще два фигуранта дела, арестованные в январе 2018 года, — Виктор Филинков и Игорь Шишкин.