Согласно постановлению, создание, реорганизация и ликвидация подведомственных организаций, в том числе, институтов РАН, не входят в полномочия агентства, а относятся к компетенции правительства.
Агентство же может лишь представлять правительству свои предложения по этим вопросам.
Ранее сообщалось, что агентству предписано создать научно-координационный совет из ученых для взаимодействия с РАН.