С марта 2006 года по сентябрь 2011 года Говорун работал начальником управления по внутренней политики президента России. С сентября 2011 года он занимал пост полномочного представителя президента РФ в Центральном федеральном округе, затем - министра регионального развития РФ Говорун ушел в отставку с поста министра регионального развития в октябре 2012 года.
С 21 января 2013 года являлся советником гендиректора корпорации «Ростех» Сергея Чемезова.