Центр будет заниматься координацией работы подводных экспедиций. Впоследствии базы Центра должны появиться и в других морях, омывающих территорию России. На 2014-2018 годы запланированы экспедиции по изучению исторического наследия на Балтике, в Арктике, Средиземном и Черном морях, а также на Дальнем Востоке.
В 2014 году в рамках празднования 300-летия победы Российского императорского флота при Гангуте в 1714 году планируется организовать подводную международную экспедицию на место морского сражения у финского полуострова Ханко.