С начала 2000-х годов жил за границей.
В середине 90-х Березовский занимал должность заместителя секретаря Совета безопасности РФ. В 1998—1999 годах — исполнительный секретарь СНГ. В том же 99-ом бизнесмен был избран депутатом Государственной думы от Карачаево-Черкесии.
Несмотря на то, что в конце 1999 года — начале 2000 года Березовский принимал участие в президентской компании Владимира Путина, с конца 2000 года он начал выступать как политический оппонент Путина.
В 1999 году против Березовского было возбуждено первое уголовное дело. Его обвинили в мошенничестве, отмывании денег, попытке насильственного захвата власти. Еще раньше, в 1996-ом, главный редактор русской версии журнала Forbes Пол Хлебников опубликовал статью, в которой обвинил Березовского в многочисленных мошенничествах, отмывании денег, связях с чеченской мафией и заказных убийствах, в том числе в организации убийства телеведущего Владислава Листьева.
В сентябре 2001 года Березовского объявили в федеральный розыск. С сентября 2003 года постоянно проживает в Великобритании в качестве политического беженца.
Судебные процессы преследовали олигарха вплоть до самой смерти. В 2007 году он был осужден Савеловским судом Москвы заочно на 6 лет лишения свободы за хищение 215 млн рублей компании «Аэрофлот».
Через год по решению Федерального уголовного трибунала Швейцарии были конфискованы несколько миллионов франков на счетах в швейцарских банках, одним из бенефициаров которых был Борис Березовский.
В 2009-ом Красногорский городской суд также заочно признал Березовского и предпринимателя Дубова виновными в хищении 140 млн рублей ЛогоВАЗа и АвтоВАЗа.
В августе 2010 года Швейцария передала «Аэрофлоту» 52 млн долл., похищенных у авиакомпании более десяти лет назад. По распоряжению министерства юстиции Швейцарии средства, замороженные на банковских счетах, в связи с уголовным расследованием и судебными процессами были разблокированы.
В феврале 2011 года по просьбе российской прокуратуры в порту Антиб на Лазурном берегу были арестованы две яхты и другое имущество, принадлежащие Березовскому. (Информация по сайту ru.wikipedia.org)
Два года назад Борис Березовский завел блог в Живом Журнале. Последняя запись датирована августом 2012 года. Она содержала призыв бойкотировать Олимпиаду в Сочи в 2014 году. Тогда же, в августе 12-го, Березовский опубликовал в своем блоге открытое письмо Владимиру Путину.