Глава «Энергии» Виталий Лопота, в свою очередь, подчеркнул в интервью «Известиям», что в ходе совместной работы никаких разногласий между ним и Ковальчуком не возникало. Мотивом решения Ковальчука отказаться от должности в РКК «Энергия» Лопота также назвал его высокую занятость на других работах.
Председателем совета директоров «Энергии» Михаил Ковальчук стал в сентябре 2011 года, сменив на этом посту Александра Беглова. Ковальчук возглавляет Курчатовский институт и Институт кристаллографии имени А.В.Шубникова РАН, а с ноября 2012 года является деканом физического факультета Санкт-Петербургского государственного университета.
По данным источников в руководстве «Энергии», Роскосмос уже выбрал преемника Ковальчука и начал процесс согласования его кандидатуры в правительстве.