Вместе с Понькиным был задержан и заместитель руководителя Общероссийского общественного фонда помощи и содействия ветеранам МВД Тельман Аласгаров. По версии следствия, Понькин и Аласгаров вымогали у одного ставропольского банкира деньги за прекращение против него уголовного дела. Они были задержаны с поличным, когда получали первый транш в полтора миллиона рублей.
Имя Андрея Понькина стало известно в 2003 году после публикации в The Sunday Times материала о подготовке покушения на президента Путина. По данным издания, другой экс-офицер ФСБ Александр Литвиненко пожаловался в Скотленд-Ярд, что Понькин предложил ему участвовать в заговоре. Понькин и приехавший с ним в Англию Алексей Алехин были задержаны, допрошены, но потом отпущены, после чего возвратились в Москву.