Он всегда говорил, что его самолеты перевозили только легальные грузы – цветы, хозяйственную технику, военные отправления. В 1994 году он благодаря своим связям в Африке получил заказ от ООН, где когда-то работал. На его самолетах осуществлялась переброска французского военного контингента в Анголу и бельгийского - в Сомали. Два года спустя он доставил российские истребители в Малайзию.
В общем, с торговлей оружия Виктор Бут всегда был тесно связан. Хотя, по его собственным словам, он сам никогда этой торговлей не занимался. Первые подозрения возникли у прессы в 1995 году, когда в Афганистане боевики движения «Талибан» захватили самолет Ил-76. Он летел в Кабул по контракту с компанией Виктора Бута «Трансавиа», и на его борту обнаружили патроны.
В прессе после этого появилась информация, что Бут, добившись освобождения летчиков из плена, стал поставлять оружие талибам и якобы делал это вплоть до начала военной кампании НАТО в Афганистане. Сам он всегда отрицал всякие связи с исламистами.
В конце 1990-х у Виктора Бута появилась база еще и в Южно-Африканской республике. И его с тех пор не раз обвиняли в том, что он поставляет оружие повстанцам в странах Черного континента. Бут, якобы, обеспечивал автоматами и боеприпасами мятежников в Анголе, помогал повстанцам в Сьерра-Леоне, когда там шла гражданская война, и перевозил оружие в другие страны. Бут не отрицает, что на его самолетах действительно транспортировали грузы в зоны конфликтов. Но он говорит, что сам он не покупал и не продавал оружие.
В 2002 году Бельгия обвинила Виктора Бута в контрабанде алмазов и отмывании $300 млн, после чего объявила его в международный розыск. Как позже рассказывала его супруга Алла Бут, он обанкротился в тот же год и жил в России, стараясь никуда не выезжать. А в Таиланд он якобы поехал не на переговоры с колумбийскими террористами, а чтобы обсудить строительство завода по производству шприцов для африканских стран.